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磁珠常见问题与解决方案

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发表时间:2021-03-22 16:47


磁珠常见问题与解决方案

一、磁珠外观

1、如何从磁珠的外观区分磁珠是否正常

(1)正常磁珠静置时,磁珠与buffer分层,聚集在瓶身底部,使用前震荡混匀,微珠均匀分布在buffer中。非正常磁珠由于溶剂、离子、pH差值大等因素,影响磁珠的均一性,使得磁珠粘稠,聚集成块或出现挂壁的现象。


            

图1.
正常磁珠外观图(左:震荡混匀;右:震荡混匀后)

2、磁珠储存

(1)
不小心将磁珠放到-20℃,但未结冰,是否可以继续使用

    不建议使用。因为低温会破坏磁珠的结构,使得磁珠的抓取效率降低,影响磁珠回收性能。

(2)磁珠未开封的时候4℃保存,开封后一直室温保存使用,是否会影响磁珠的回收性能

室温放置对磁珠的回收性能会有一定影响,不建议室温放置太久,使用完后建议4℃保存。


3、磁珠应用

(1)磁珠分离DNA的原理

硅基磁珠之所以能够结合核酸是因为其表面包被了二氧化硅薄层。硅质膜二氧化硅磁珠具有超顺磁性内核和二氧化硅外壳,表面修饰大量的硅羟基。磁珠表面的硅羟基能够与溶液中的核酸通过氢键和静电作用发生特异性结合,在高盐条件下与核酸结合,而在低盐环境下被洗脱,这样就可以直接从复杂的生物体系中迅速分离核酸。样品中的很多组分都会干扰磁珠吸附效果。因此,可以适当优化磁珠的用量或浓度以确保最佳的分离效果。

(2)产品的主要应用

产品主要应用于高通量测序DNA片段的纯化和分选。对于PCR或者酶切DNA产物的纯化也可以使用。可以有效去除dNTP,引物,引物二聚体,接头,接头二聚体,盐离子等杂质。

(3)产品是否可以重复

理论上产品可以重复使用,但是由于用洗脱液洗脱时并不能保证其完全洗脱,后续再使用会导致核酸的交叉污染,所以不建议重复使用。

磁珠是否可以吸附ssDNA

理论上可以回收单链DNA,但是由于单链DNA比双链DNA和环状双链DNA的稳定性要差,所以回收过程中可能造成一定的不可逆的损伤。附图是Beckman磁珠回收单链DNA的数据,可以作为参考。

图3. XP磁珠回收单链DNA效果图

(5)硅基磁珠是否可以纯化gDNA

硅基磁珠测试过最大20kb的片段,回收率>90%。基因组
DNA
未测试过,测试时,由于大DNA与磁珠结合的非常紧,建议尽量增加洗脱液体积,避免干燥时间过久。

(6)磁珠的DNA结合能力怎么样

在目前的磁珠体系中,磁珠的吸附能力均为过饱和,客户不必担心磁珠结合能力不足的情况。根据已知的报道,每1
μL磁珠可以结合7
μg
DNA。

(7)硅基磁珠是否可以用于提取DNA

使用硅基磁珠可以实现直接将样本裂解后用磁珠将其中的gDNA提取出来,可能效率没有专用试剂盒的高,因为我们这款磁珠的定位是在纯化和分离。

4、磁珠使用效果

(1)磁珠回收率低可能的原因是什么

1)磁珠与DNA混匀不充分,未能充分吸附。建议反应体系充分混匀;

2)磁珠比例不对,建议按照说明书进行选择合适的比例;

3)孵育时间不足,保证孵育时间至少5
min;

4)磁珠洗涤时的乙醇非现配,导致乙醇浓度过低,建议乙醇浓度不低于70%;

5)干燥过度:磁珠长时间干燥导致表面龟裂,DNA难以洗脱,得率降低;建议干燥时间不宜过长,表面刚出现龟裂即可;

6)洗脱液体积不足:最终洗脱液应完全覆盖管内磁珠。

(2)纯化后DNA在后续实验中表现不理想。

由乙醇残留引起,可能是操作时磁珠分离时间过短或磁力器磁力较弱,洗脱步骤中吸取上清速度过快等。建议确保在最后一步洗涤结束后,溶液中无残留乙醇。磁珠可于室温干燥5-10分钟,使乙醇完全干燥。

数据仅供参考

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规格

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